首先请确认这边设计费是否是双方真实发生的交易，否则很容易涉及虚开发票的问题；如果是真实发生的，具体以下几个步骤：
1.确认甲、乙双方有无签订正式的合同，合同是证明交易真实发生的凭证之一；规避一定的风险；
2.确认合同约定的金额是否是含税金额，这个一般在签订合同的时候会有约定，如果是含税金额，那么40万元里就包含了增值税；如果40万元是不含税的金额，40万元乘以税率就是需要缴纳的增值税。
3.如果甲方需要开具的是增值税普通发票，那么只要对方提供税号，乙方就可以直接开具相应的普通发票；但是如果甲方是一般纳税人的话，对方需要开具的一般是增值税专用发票，因为可以作为甲方的进项税额进行抵扣，这个时候你需要向甲方要开票资料，然后根据其提供的开票资料进行开票，此时需要注意：
（1）若乙方是一般纳税人，则乙方根据甲方提供的开票资料，直接自行开票，税率是6%；
（2）如果乙方不是一般纳税人，而是小规模纳税人，小规模纳税人需要开具增值税专用发票需要到税务机关进行代开（除了几个行业的小规模纳税人可以自行开具增值税专用发票）；
（3）需要注意的是，小规模纳税人开具发票适用的征收率，而增值税一般纳税人用的是税率。不要搞错了。
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