只要业务是真实的，个人认为就是合法的。
一、如果业务是偶发性的、金额较小的
为了方便，在现实中是经常看到个人付款，然后发票开单位的。比如，招待费，住宿费以及零星费用或购买支出等。估计这种操作，大家包括税务部门也无可非议。
二、如果业务是经常性、且金额较大
如果是这种情况，个人建议对公支支付，比较好。金额较大，各个单位要求不同，有的单位要求2000元、有的单位要求5000元等，如果超过了限定的金额要求对公支出。
付款后要求对方开具的发票为专票时，尤其建议对公支付。
三、如果确实个人支付，业务也是真实的
要求对方开具发票时，可以让单位开个证明或说明给对方，款项因某种原因由个人垫付，发票开给单位，同时提供对方单位的开票信息。
这种操作方式也是可以的。当然，有题主这个担心，主要是三流一致的事情。但是，只要业务是真实的，即使三流不一致，也不能认定发票有问题。
四、三流一致的由来
金税三期以及人们对规范经营意识的提高，要求票据流、货物流、资金流即三流一致，后来要增加了合同流、服务流或信息流这2个流，到了5流一致。
上图是三流一致的由来。当然能三流一致，尽量三流一致，为了不必要的麻烦。
五、如果不能三流一致
上两个图是三流不一致的情形。如果出现了三流不一致的情形怎么办呢？
1、如果是个人，建议由单位出具相关说明或证明。
2、如果是单位，或出具三方转账协议或出具说明。
以上两个说明或证明的出具，是确认业务的实质，自己清楚，税局的也认为是适当的。
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